Tendo na sua génese o empenho e dedicação de António José Vidal Baptista, advogado e colecionador vila-franquense, o Museu Municipal de Vila Franca de Xira foi criado por deliberação de Câmara de 30 de dezembro de 1949, e abriu ao público em 7 de julho de 1951. 

Entre 1972 e 1980 assistiu-se ao decréscimo da ação do Museu e verificou-se, simultaneamente, a carência de instalações e quadros técnicos que originaram o seu encerramento. Em 1985 reabre o Núcleo-sede, desta feita ocupando parte de um edifício setecentista na Rua Serpa Pinto em Vila Franca de Xira. 

Seguindo uma linha de tendência territorial enquadrada pelo próprio território do município, o conceito programático do Museu Municipal foi-se alicerçando numa perspetiva polinucleada e descentralizada no espaço geográfico do Concelho.

Em1988 é constituído o seu segundo núcleo museológico com a aquisição e a recuperação de um Barco Varino do Rio Tejo, “Liberdade”.

Em 1990 foi aberto ao público o terceiro núcleo museológico na cidade de Alverca do Ribatejo.

Em 2001 foi inaugurado o Núcleo Museológico de Arte Sacra, na Igreja do Mártir Santo São Sebastião, em Vila Franca de Xira, atual Núcleo Museológico do Mártir Santo.

De 1995 a 2003, o núcleo-sede funcionou provisoriamente no Palácio do Sobralinho, tendo em 2003 reaberto ao público, novamente no antigo palacete setecentista em Vila Franca de Xira, recuperado e ampliado para o efeito.