Com a saída do Hospital, em 1959, do edifício do Convento de Jesus de Setúbal algumas das suas salas receberam as exposições comemorativas do Centenário da Elevação de Setúbal a Cidade, em 1960. Procedeu-se, posteriormente, à adaptação de todo o edifício para a instalação do Museu de Setúbal, por iniciativa da Santa Casa da Misericórdia de Setúbal e com o apoio da Câmara Municipal de Setúbal e do Governo Civil. A abertura oficial do Museu realizou-se a 5 de Fevereiro de 1961 e a tutela do museu passou, definitivamente, para o Município em 1980. Apesar do edifício do Convento de Jesus de Setúbal se encontrar encerrado ao público desde 1993, as obras de recuperação e valorização a cargo da Autarquia tiveram início em 2013, resultado do protocolo com a Direção Regional de Cultura de Lisboa e Vale do Tejo. O Convento de Jesus encontra-se classificado como monumento nacional desde 1910, e em 2011 como European Heritage Label da Comissão Europeia. Em 2013 foi nomeado pela federação pan-europeia de património cultural Europa Nostra, como um dos sete monumentos em risco do ano, pelo que beneficiará de um programa de apoios para a conclusão do seu projeto de requalificação. No decorrer das obras de recuperação e valorização no Convento de Jesus de Setúbal, estará patente ao público uma exposição de longa duração, intitulada "Tesouros do Museu de Setúbal/Convento de Jesus", no antigo edifício do Banco de Portugal agora renovado como Galeria Municipal.

Núcleos

Casa do Corpo Santo / Museu do Barroco

Na Casa do Corpo Santo está patente ao público, uma exposição permanente de arte sacra barroca, com espólio da coleção do Museu de Setúbal e, ainda, uma importante coleção de instrumentos de precisão e ciência náutica, doados por Ireneu Cruz, prestigiado médico e cidadão.

A designação Casa do Corpo Santo provém do nome pelo qual era conhecida a Confraria dos Navegantes, Armadores e Pescadores da Vila de Setúbal, cuja origem remonta ao séc. XIV, e que, mais tarde, se viriam a instalar neste edifício datado de 1714. Como Museu do Barroco, a Casa do Corpo Santo pretende valorizar o seu espaço físico, pois além de se situar no núcleo medieval do povoado, junto à Igreja de Santa Maria, é possível ver ainda um troço da muralha do séc. XIV, a oriente, que foi integrado no edifício. No primeiro piso é de destacar na Sala do Vestíbulo os painéis de azulejos barrocos, da autoria do mestre P.M.P. e os tetos pintados setecentistas, também presentes na Sala do Despacho. Nesta última sala sobressai ainda o piso de tijoleira, alternado com azulejos de figura avulsa.A Capela da Casa do Corpo Santo, enquanto espaço simbólico e artisticamente marcado pelo barroco, apresenta um altar forrado em talha dourada ao Estilo Nacional.