O espólio do Museu de Évora resulta em grande parte da antiga coleção arqueológica, artística e de curiosidades naturais do Arcebispo Frei Manuel do Cenáculo, um dos maiores colecionadores portugueses do século XVIII. Este fundo reflete as temáticas artísticas próprias do colecionismo antigo: o retrato, a paisagem e as naturezas mortas, onde se destaca um bom conjunto da retratista da época da restauração e um núcleo de naturezas-mortas de Baltazar Gomes Figueira e Josefa de Óbidos. Na coleção arqueológica, merecem referência a lapidária e estatuária romana proveniente de todo o Alentejo. O Museu reúne ainda algum espólio dos extintos conventos eborenses e da Catedral de Évora, formando o núcleo de artes decorativas - com peças de mobiliário, paramentaria e ourivesaria -, e também um importante grupo de escultura tumular medieval e renascentista. A importância e o carácter retrospetivo da coleção de pintura de Frei Manuel do Cenáculo foram acentuados por esta via, com a inclusão das treze tábuas do magnífico retábulo flamengo da Sé de Évora e com a aquisição recente de uma obra de Álvaro Pires de Évora.