Ideia inicial de Vieira da Silva, em 1987, o projecto de criação da Fundação envolveu várias instituições: a Câmara Municipal de Lisboa, que cedeu o espaço da antiga Fábrica de Tecidos de Seda, escolhido pela artista; a Fundação Calouste Gulbenkian, que custeou as obras do museu e Centro de Documentação e Pesquisa; a Fundação Luso-Americana para o Desenvolvimento e a Fundação Cidade de Lisboa. Em 1990 é criada a Fundação, instituição de utilidade pública, e em 1994 abre portas o museu, testemunhos do reconhecimento nacional a Vieira da Silva e Arpad Szenes.