A história do Museu do Instituto Geológico e Mineiro está intimamente ligada à criação da Comissão Geológica presidida por Carlos Ribeiro, Pereira da Costa e Nery Delgado, que foi instalada em meados de 1859, no atual edifício, onde já funcionava a Real Academia das Ciências. Iniciou-se então um período de intensa atividade que conduziu, em 1876, à publicação da primeira Carta Geológica de Portugal, uma das primeiras a nível mundial. A atividade das Comissões que lhe sucederam, dos "Serviços Geológicos de Portugal" criados em 1918 e do Instituto Geológico Mineiro, levou à colheita de milhares de amostras, parte das quais foram constituindo o maior arquivo geológico português, ferramenta indispensável aos trabalhos do Instituto e utilizadas por outros investigadores nacionais e estrangeiros. Atualmente, além da sua importância científica, o museu reveste-se de excecional interesse expositivo, por ser dos raros existentes ainda com a influência do século XIX, bem como histórico, por se situar nas instalações onde nasceram a Geologia e a Arqueologia portuguesas.