O Museu Pio XII foi fundado em 1957 pelo Cónego Luciano Afonso dos Santos que reuniu e legou as coleções de natureza arqueológica e artístico-religiosa.

Mais recentemente, em 1982, o museu recebeu a coleção de obras de desenho e pintura de autoria de Mestre Medina, doadas pelo autor à Arquidiocese de Braga.

O Museu sofreu uma grande remodelação na transição do milénio, reabrindo ao público a 5 de Dezembro de 2002.