Criado em 1965, tornou-se Museu Nacional em 1980, encontrando-se instalado no antigo Convento da Madre de Deus, fundado em 1509 pela rainha D. Leonor. O edifício sofreu transformações devido a diversas campanhas de obras, salientando-se o claustro maneirista do século XVI; a igreja, decorada com importantes conjuntos de pinturas e revestimentos azulejares; a sacristia, com um arcaz de madeira do Brasil e emolduramentos de talha integrando pinturas; o coro alto, com rica ornamentação em talha dourada; a capela de Santo António, com decoração barroca setecentista e uma grande quantidade de telas da autoria do pintor André Gonçalves.