Museu de ilha, criado em 1977 com a designação de Casa Etnográfica, foi inaugurado aos 6 de dezembro de 1983, num contexto político de valorização e proteção do património cultural açoriano. A partir de 1991, na sequência da reformulação orgânica dos museus subordinados à Direção Regional da Cultura, a Casa Etnográfica passou a designar-se Museu da Graciosa, assumindo, também, a partir dessa data, uma estrutura multipolar representativa do território.

O museu integra a Rede Regional dos Museus dos Açores, tutelada pelo Governo Regional dos Açores. Do inicial granel, lagar e adega, testemunho de um passado agrário ligado à produção cerealífera e vitivinícola – hoje Núcleo sede -, o programa associou, sucessivamente, espaços e instalações de atividades determinantes no viver graciosense: os Barracão dos Botes Baleeiros de Santa Cruz, o Moinho de Vento das Fontes, o Barracão dos Botes Baleeiros da Praia, a Tenda de Ferreiro situada no Barreiro e a Casa das Debulhadoras, no Caminho do Meio, sendo os dois primeiros visitáveis.

Para melhor concretizar a sua missão e a prossecução dos seus fins, que são a recolha, a conservação, a investigação, a exposição, a difusão da imagem e a publicação, no ano de 2009, procedeu-se à concretização do projeto de reprogramação e ampliação do Núcleo-sede, tendo a reabertura e inauguração ocorrido a 11 de dezembro de 2010.