Fundado em 2 de Maio de 1880, como anexo da Biblioteca Popular de Estremoz, passou para o imóvel que atualmente ocupa na década de 60 do século XX, sob o patrocínio do Presidente da Câmara Municipal de Estremoz Dr. Luis Pascoal Rosado. Em 1971 adquire-se a Júlio Maria dos Reis Pereira a coleção de Bonecos de Estremoz, que é hoje o principal destaque deste espaço. Em 1982 é fundada a Galeria de Desenho, obra de Rogério Ribeiro, Armando Alves, José Aurélio, Joaquim Vermelho e Pedro Borges. No ano de 1987 a coleção de Alfaias Agrícolas regionais é instalada num antigo edifício da EPAc, sendo aberto ao público. O mesmo encerrou em 2004, estando a decorrer trabalhos que visam a sua reabertura num outro local. Em 2003 o polo principal do Museu Municipal de Estremoz passa a designar-se por “Museu Municipal Prof. Joaquim Vermelho”, numa homenagem ao seu falecido Diretor. A 25 de Abril de 2006, este mesmo Museu passa a dinamizar uma nova Sala de  exposições no Centro Cultural e Associativo Dr. José Lourenço Marques Crespo.