O Museu Municipal de Aljustrel possui duas coleções principais. Uma de Etnografia, ligada ao mundo rural, com alfaias agrícolas para trabalho da terra, de apicultura, de moagem, de armazenagem e tratamento de cereais e ainda de materiais ligados à produção de vinho e azeite. Dentro desta temática possui ainda diversos objetos do quotidiano que permitiram a reconstituição de um quarto e cozinha de uma casa rural. 

A segunda grande coleção do Museu é de Arqueologia, composta por  materiais recolhidos no concelho em intervenções arqueológicas e de achados fortuitos. Através de um protocolo com a empresa mineira Pirites Alentejanas, SA, o museu ficou com o depósito de todos os materiais que faziam parte do antigo Museu da Mina. Estes, abarcam um período cronológico que vai desde a Pré-história até à Idade Média, com especial ênfase no período romano.