Situado numa casa do centro da freguesia de Santo Espírito, foi criado em 1972 por iniciativa do então pároco da freguesia como Museu Etnográfico e Paroquial. Após um longo período menos auspicioso, o Governo Regional dos Açores através do Dec. Reg. nº25/77/A muda a designação para Casa Etnográfica de Santa Maria, tomando posse do edifício. Em 1991 passa a Museu de Ilha, tendo sido inaugurado em 1996, após um longo trabalho de adaptação e estudo das coleções, dotando-o com uma orgânica própria e um quadro de pessoal que assegura o cumprimento das funções que lhe estão atribuídas.