O Museu reúne uma coleção de arte sacra portuguesa e de etnografia de vários países do mundo. O acervo de arte sacra, recolhido no território português, é composto por uma coleção de presépios, imagens de Menino Jesus e crucifixos, ilustrando a religiosidade do povo português entre os séculos XIV e XX. Na coleção de etnografia existem objetos de uso quotidiano dos povos com quem os missionários têm contacto. Expõe na Sala dos Pastorinhos as relíquias dos beatos Francisco e Jacinta Marto.