O Museu Escolar teve a sua origem num projeto pedagógico, posto em prática pelos professores do 1.º Ciclo do Ensino Básico de Marrazes, no ano letivo 1992/1993, com o título "A escola através dos tempos". Houve dificuldades em encontrar novas instalações que correspondessem às necessidades exigidas, devido às dimensões atingidas pelo conjunto de material reunido. Para que esse precioso espólio se não perdesse a Junta de Freguesia de Marrazes assumiu a sua conservação e exposição. Disponibilizou um espaço com cerca de 200m2, no qual a partir de 16 de Maio de 1997, passou a estar patente ao público o Museu Escolar.